Pendant une très longue période, du IV° siècle au X° siècle, la ville est sous la domination théorique de plusieurs rois Burgondes, puis Francs, et enfin Carolingiens. Dans la pratique, ces rois sont trop loin pour influencer directement la ville et le pouvoir politique réel sur la cité est en fait dans les mains de l’archevêque, qui dispose d’une autorité incontestée. Sous cette domination, la ville acquiert un grand rayonnement religieux, avec la construction de basiliques, d’églises et la fondation d’ordres religieux. C’est à cette période que le nom de Lugdunum est remplacé peu à peu à Lyon par des évolutions du langage.

Pendant cette période, les nuits de Lyon sont dominées par un personnage qui revêt maintenant une aura quasiment mythique pour la Lancea Sanctum : Clothaire. Les Historiens vampiriques pensent que Clothaire fût de son vivant archevêque de la ville. Lui-même affirma être l’infant du Monachus en personne, alimentant des siècles plus tard le mythe de la présence de l’Abbaye Noire dans la région. Clothaire régna pendant 350 ans sur les vampires de Lyon, et si on croit les écrits de l’époque, il y accomplit de nombreux miracles noirs. Il disparut mystérieusement pendant l’année 947 (date de la destruction de l’Abbaye Noire). La Lancea Sanctum a des difficultés à s’accorder sur Clothaire. Certains pensent que ce vampire imbu de lui-même et menteur (qui ose prétendre être l’infant du Monachus ?) ne mérite pas les honneurs de la ligue. D’autres donnent du crédit au récit de ses exploits et le considère comme un personnage important de l’église de Longinus.

Les miracles de Clothaires :

On prétend que Clothaire fit trembler la terre pour effrayer un groupe de vampires païens originaire d’Europe de l’est. La légende dit également que l’Archevêque était fasciné par les ailes des oiseaux et des anges, et qu’un jour il échappa à une conspiration contre lui en s’envolant dans les airs, porté par deux anges aux ailes noires.

Du X° siècle au XII° siècle, la ville s’embourbe dans un certain conservatisme, en particulier religieux. Les idéaux grégoriens de retour à la pauvreté ne touchent pas vraiment les ecclésiastiques Lyonnais, riches et très influents. L’apparition des « Pauvres de Lyon » menés par Valdés (un notable ayant renoncé à ses richesses) en réaction à cette attitude se solde par le bannissement du mouvement en 1183.
Dans le monde nocturne des vampires, la disparition de Clothaire déchaîne les passions des vampires trop longtemps sous le joug de ce puissant Ancien et la ville revient sous la domination d’un groupe de vampires de l’Invictus, avec un régime féodal. Après une période de lutte intestine, le « premier Etat » et le « second Etat » s’allient enfin, formant une base de pouvoir puissante et relativement stable.

Le XIII° siècle est celui du changement dans la ville. De féroces luttes intestines éclatent entre l’Archevêque, les Chanoines et les bourgeois de la ville qui veulent obtenir une reconnaissance politique. C’est finalement au XIV° siècle, en 1320, que les bourgeois obtiennent ce qu’ils souhaitent, au prix d’un rattachement au royaume de France. A l’époque, la ville compte environ 18 000 habitants. La peste frappe en 1348 et tue quasiment la moitié de la population de la ville. Il faudra attendre le XV° siècle pour voir remonter la population de la cité vers 35 000 habitants.

Parmi les vampires, le XIII° siècle est marqué par divers soubresauts politiques mais aucun changement notable ne survient. La peste de 1348 met fin à ce calme relatif. Les vampires s’entredéchirent, et l’apparition de la lignée Morbus dans la ville provoque une véritable guerre civile qui se termine par l’anéantissement pur et simple des damnés de la ville. Il faudra attendre 3 ans avant qu’un nouveau Prince de l’Invictus ne soit nommé.

Lyon entre dans la renaissance du XV° et XVI° siècle et se développe grâce à elle. Le commerce de la soie, l’imprimerie et les banques se développent. Les foires prennent une ampleur internationale, en particulier grâce aux relations commerciales avec les Italiens. Les institutions religieuses perdent un peu de leur pouvoir, beaucoup d’archevêques de l’époque vivant à la cour du Roi, loin de la cité. La Réforme religieuse s’implante fortement au début du XVI° siècle, déclenchant de violents affrontements entre catholiques et protestants. Ces affrontements atteignent leur paroxysme en août 1572 lors des « Vêpres Lyonnaises », quelques semaines après la Saint Barthélemy, pendant lesquels plusieurs centaines de protestants sont tués dans la ville. La ville paye cher ces débordements religieux, car ils font fuir de nombreux artisans et marchands.

Les vampires de la cité devinrent plus nombreux à cette période marquée par l’augmentation de la population des vivants.